Die Organisation der Stiftung und des Heims beruht auf der Stiftungsurkunde vom 9. April 1987.
Der Stiftungsrat ist das oberste Organ und besteht aus je fünf Vertretern der beiden Gemeinden Füllinsdorf und Frenkendorf. Er vertritt die Stiftung nach aussen und ist den beiden Gemeinden gegenüber für den Heimbetrieb und die Erhaltung des Stiftungszweckes verantwortlich. Der Stiftungsrat wird durch die Gemeinderäte und Gemeindekommissionen der politischen Gemeinden von Füllinsdorf und Frenkendorf gewählt.
Die Heimkommission ist das Aufsichtsorgan der Heimleitung. Sie wird durch den Stiftungsrat gewählt.